Faculty of Engineering and Natural Sciences

Articles in international refereed journals

• P. Yıldırım, Filter based feature selection methods for prediction of risks in hepatitis disease, International Journal of Machine Learning and Computing, Vol. 5, No. 4, Pages:258-263, August 2015
• Balcı Demirci, B., “Software Expertise Education Participants’ Unemployment Problem in Turkey”, International Journal of Education and Research, September 2014
• Balcı Demirci, B., “System Expertice Training Courses in Private Sector: Can They Be Given Online?”, The Turkish Online Journal of Distance Education, 2014
• Yıldırım P., Ljiljana Majnaric, Ozgur Ilyas Ekmekci, Andreas Holzinger, Knowledge discovery of drug data on the example of adverse reaction prediction, BMC Bioinformatics 2014.
• Uyar A, Seli E. The impact of assisted reproductive technologies on genomic imprinting and imprinting disorders. Current Opinion in Obstetrics and Gynecology, 26(3):210-21, 2014.
• Uyar A, Bener A, Ciray HN. Predictive modeling of implantation outcome in an IVF setting: An application of machine learning methods. Medical Decision Making 2014 (In press) DOI: 10.1177/0272989X14535984.
• Muñoz M, Uyar A, Correia E, Diez C, Fernandez-Gonzalez A, Caamaño JN, Trigal B, Humblot P, Ponsart C, Guyader-Joly C, Carrocera S, Martin D, Le Guienne B, Seli E, Gomez E. Prediction of pregnancy viability in bovine in vitro produced embryos and recipients with Fourier transform infrared spectroscopy. BioMed Research International 2014 (In press) http://dx.doi.org/10.1155/2014/608579.
• Muñoz M, Uyar A, Correia E, Diez C, Fernandez-Gonzalez A, Caamaño JN, Martinez-Bello D, Trigal B, Humblot P, Ponsart C, Guyader Joly C, Carrocera S, Martin D, Marquant-Le Guienne M, Seli E, Gomez E. Prediction of pregnancy viability in bovine in vitro-produced embryos and recipient plasma with Fourier transform infrared spectroscopy. Journal of Dairy Science 97(9):5497-507, 2014
• Aptoula E., Hyperspectral image Classification with multi-dimensional attribute profiles, IEEE Geoscience and Remote Sensing Letters, 2015
• Muñoz M., Uyar A., Correia E., Diez C., Fernandez-Gonzalez A., Caamaño J.N., Trigal B., Carrocera S., Seli E., Gomez E., Non-invasive assessment of embryonic sex in cattle by metabolomic fingerprinting of in vitro culture medium, Metabolomics, 2014
• Uyar A., Seli E., Metabolomic assessment of embryo viability. Semin Reprod Med 32(2):141-52, 2014
• Yanikoglu B. Aptoula E., Tirkaz C., Automatic plant identification from photographs, Machine Vision Applications, 2014
• Yildirim P., Majnarić L. , Ekmekci O.I., Holzinger A., Knowledge discovery of drug data on the example of adverse reaction prediction, BMC Bioinformatics, 2014
• Aptoula E., The impact of multivariate quasi-flat zones on the morphological description of hyperspectral images, International Journal of Remote Sensing, 2014
• Aptoula E., Remote sensing image retrieval with global morphological texture descriptors, IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 52(5), 3023-3034, 2014
• Demirci B. B., System Expertise Training Courses in Private Sector: Can They Be Given Online?, The Turkish Online Journal of Distance Education, 1302-6488, 15 (2), 2014
• Buğu S. (MSc student), Yeşilyurt C. (BSc student), Özaydın F., An optical gate for simultaneous fusion of four photonic w or Bell states, Quantum Information Processing, 12(9), 2965-2975, 2013
• Özaydın F., Altıntaş A. A., Buğu S. (MSc student), Yeşilyurt C. (BSc student), Quantum fisher information of N particles in the superposition of w and GHZ states, International Journal of theoretical physics, 52(9), 2977-2980, 2013
• Buğu S. (MSc student), Yeşilyurt C. (BSc student), Özaydın F., Enhancing the W-state quantum-network-fusion process with a single Frendkin gate, Physical Review A,87, 032331, 2013
• Yildirim P., Majnarić L., Ekmekci O. I., Holzinger A., On the Prediction of Clusters for Adverse Reactions and Allergies on Antibiotics for Children to improve Biomedical Decision Making, Lecture Notes in Computer Science 8127, 431–445, 2013
• Yildirim P., Ekmekci O.I., Holzinger A., On Knowledge Discovery in Open Medical Data on the Example of the FDA Drug Adverse Event Reporting System for Alendronate (Fosamax), Lecture Notes in Computer Science 7947, 195-206, 2013
• Aptoula E., Weber J. Lefevre S.,Vectorial quasi-flat zones for color image simplification, International Symposium on Mathematical Morphology, Lecture Notes in Computer Science, 7883, 231-242, Uppsala, İsveç, 2013
• Demirci B. B., Orman Ü.A., (MSc student) The Reasons Why Engineering Students Prefer Training Courses In Private Sector, Journal of Educational and Instructional Studies in The World, 2(4), 2146-7463, 2012
• Aptoula E., Extending Morphological Covariance, Pattern Recognition, 45 (12), 4524-4535, 2012.
• Aptoula E., Comparative study of moment based parameterization for morphological texture description, Journal Of Visual Communication and Image Representation, 23 (8), 1213-1224, 2012.
• Yarman T., Yarman F., Özaydın F., The interdependence of Electronic Energy, Scientific Research & Essays 6 (21), 2011
• Yıldırım P., Çeken Ç., Literature Mining for the Diagnostic Procedures of Osteoporosis. USAB2011 Information Quality in eHealth, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 7058, 43-51, Graz, Avusturya, Kasım, 2011.
• Jakupovic V., Martinovic M., Özgüven K. Vukovic A., Services Marketing in Dentistry-Knowledge, Practice, Attitude in Bosnia and Herzegovina, Mat Soc Med, 22 (4), 195-199, 2010

Articles in international conference proceedings

• Balcı Demirci, B. (2014), “Student Profile of System Expertise Training in Private Sector and The Reasons for choosing this training”. World Conference on Educational Sciences -WCES 2014, February 6-9, 2014. Malta.
• Özkan Çoşkun H., Demirci Balcı B., Özkan, O. (2013). Bir e-Sınav Platformu İcin İhtiyaç Analizi, 7. Uluslararası Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Sempozyumu, 6-8 Haziran 2013, Atatürk Üniversitesi, Erzurum- Türkiye. (Tam metin basılmadı)
• Manafi S, Uyar A, Bener A. Sampling bias in microarray data analysis: a demonstration in the field of reproductive biology. HIBIT 2013, September 2013, Ankara, Turkey.
• Nosrati F, Bener A, Uyar A. Investigating the stability of housekeeping genes using microarray datasets. In Proceedings of BIOCOMP'14 - The 2014 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, pp 3-9.
• Samarikhalaj A, Bener A, Uyar A. The inverse relationship between sample size and differentially expressed genes in the selected microarray experiments. 12th Annual Rocky Mountain Bioinformatics Conference, December 2014, Colorado, USA.
• Erol V. (PhD student), Buğu S. (MSc student), Yeşilyurt C., Altıntaş A. A., Özaydın F., Strategy with recycling for the enhanced setup for creating large-scale W state networks, International Workshop on Quantum Communication Networks, Leeds, İngiltere, 2014
• Demirci B. B., Student Profile of System Expertise Training in Private Sector and The Reasons for choosing this training, World Conference on Educational Sciences, Malta, 2014
• Aptoula E., Yanikoglu B., Morphological features for leaf based plant recognition, IEEE International Conference on Image Processing, Melbourne, Avustralya, Eylül, 2013.
• Manafi S., Uyar A., Bener A., Sampling bias in microarray data analysis: a demonstration in the field of reproductive biology, HIBIT, Ankara, Turkey
• Courty N., Aptoula E., Lefevre S., A Class-wise Supervised Ordering Approach for Morphology Based Hyperspectral Image Classification, International Conference on Pattern Recognition, Tokyo, Japonya, Kasım, 2012
• Özaydın F., Altıntaş A. A., Susam L. A., Arık M., Yarman T., New Dirac Equation from the View Point of Particle, APMAS12, Antalya, 2012
• Özaydın F., Özdemir K., Koashi M., Imoto N., Superadditivity of Quantum Channel Capacity, APMAS12, Antalya, 2012
• Akgün B. T., Koç Z., Güner Ş., Öztürk B., Özkan B., Üstun Ö, Tuncay N., Özgüner Ü., A study on Autonomous Vehicle Development Process at Okan University, IEEE International Conference on Vehicular Electronics and Safety, İstanbul, 2012
• Akgün B. T., Simulation of an Autonomous Vehicle, Eurasia Graphics, İstanbul, 2012
• Holzinger A., Simonic K-M., Yıldırım P., Disease-disease relationships for rheumatic diseases, Compsac12, IEEE International Conference on Computer Software and Applications, İzmir, Türkiye, Temmuz, 2012
• Orman Ü. A. (MSc student), Demirci B. B., Mühendislik Öğrencilerinin Özel Sektördeki Eğitimlerine Yönelme Sebepleri, World Conference on Educational and Instructional Studies, 2012
• Yaylalı G. Akgün B. T., İşletim sistemlerinde kendi kendini onarma, International advanced technologies symposium, Elazığ, 2011
• Ardıl B. (MSc student), Ağlarda topluluk yapılarının algılanma algoritmaları, Conference on Computer science and engineering, İstanbul, 2011
• Birlik M. (MSc student), Ağ simülatörü (NS2), Conference on Computer science and engineering, İstanbul, 2011
• Yıldırım P., Çeken Ç., Saka O., Discovering similarities fort he treatments of liever specific parasites, FedCSIS11, Proceedings of the Federated Conference on Computer Science and Information Systems, 165-168, Szczenin, Polonya, Eylül, 2011
• Öndin Z., Akgün B. T., A DVD Application that Enables Usage of Interactive Video in Education, IETC2010, IETC Conferences, Istanbul, 2010.
• Balcı B., Critical Points for E-Learning Content Design, IODL&ICEM, International Joint Conference and Media Days, 131-143, Anadolu University, Ekim, 2010
• Gülkaç H., Fığlalı A., Gönülol S., Cihan A., Şahin H., A Data Mining Based Heuristic Approach for Solution of Travelling Salesman Problem,EURO 2010 24th European Conference on Operational Research, Lizbon Portekiz, 11-14 Temmuz, 2010
• Çakmak E., Gülkaç H., Tanyaş M., “Managing Subassemblies and Components for Safety Stock of Multi Products”, EURO 2010 24th European Conference on Operational Research, Lizbon Portekiz, 11-14 Temmuz, 2010

Books and book chapters

• Lefevre S., Aptoula E., Perret B. Weber J., Morphological template mathcing in Color Images, Advances in Low-Level color image processing, Celebi E., Smolka B. (editors), Springer, 2013
• Demirci B. B., Coşkun Ö. H., E-Değerlendirme ve Bireyselleştirilmiş Testler, Yüzer, V., Yamamoto, G.T. ve Demiray U. (Editörler), Türkiye'de E-Öğrenme: Gelişmeler ve Uygulamalar IV içinde Bölüm:4, 51-65, 2013
• Demirci Balcı B., Sağlık alanında E-öğrenme, Gülsun E. B. Y., Yamamoto G. T. & Demiray U. (Ed.), Türkiye’de E-öğrenme: Gelişmeler ve Uygulamalar III, 2012
• Demirci Balcı B., E-öğrenmede İçerik Tasarımında yeniden Kullanılabilir Bileşenler, Balcı Demirci B. Yamamoto G. T. & Demiray U. (Ed.), Türkiye’de E-öğrenme: Gelişmeler ve Uygulamalar II, 2011
• Aptoula E. Lefevre S., Morphological texture description of grayscale and color images, Advances in Imaging and Electron Physics, Academic Press, 1-74, 2011.
• Holzinger A., Yıldırım P., Geier M., Simonic K-M., Quality-based knowledge discovery from medical text on the Web, Example of computational methods in Web Intelligence.
• Balcı B., E-öğrenme Programı Tasarım Süreçleri, Yamamoto G. T., Demiray U. (Ed.), Türkiye’de E-Öğrenme: Gelişmeler ve Uygulamalar içinde, Eflatun Yayınevi, 83-110, Ankara, 2010
• Balcı B., E-öğrenmede Başarı Faktörleri, Yamamoto G. T., Demiray U. (Ed.), Türkiye’de E-Öğrenme: Gelişmeler ve Uygulamalar içinde, Eflatun Yayınevi, 465-480, Ankara, 2010

Articles in national conference proceedings

• Nikbay K., Şen K. A., Akgün, B. T., “Sürücü Davranışı İyileştirmeye Yönelik Bir Oyun ve Yol Tanımlama”, (in Turkish), Akademik Bilişim 2015, Eskişehir, 2015.
• Hıdır H. (Y. Lisans öğrencisi), Akgün B. T., Bir fikir yönetim sisteminin gerçeklenmesi, Akademik Bilişim, Mersin, 2014
• Erol V. (Doktora öğrencisi), Sakallıoğlu B. (Doktora öğrencisi), Akgün B. T., Sosyal oyunlar, Akademik Bilişim, Mersin 2014
• Erol V. (Doktora öğrencisi), Sakallıoğlu B. (Doktora öğrencisi), Uyar. A., Elektrokardiyografi sinyallerindeki aritmilerin sınıflandırılması, Akademik Bilişim, Mersin 2014
• Şen K. A., Nikbay K., Akgün, B. T.,” Sürücüsüz araç trafiği ile sürücü davranışı iyileştirmeye yönelik bir oyun: OKANOM”, (in Turkish), ELECO 2014, Bursa, 2014.
• Hıdır H. (MSc student), Akgün B. T., Bir fikir yönetim sisteminin gerçeklenmesi, Akademik Bilişim, Mersin, 2014
• Erol V. (PhD student), Sakallıoğlu B. (PhD student), Akgün B. T., Sosyal oyunlar, Akademik Bilişim, Mersin 2014
• Erol V. (PhD student), Sakallıoğlu B. (PhD student), Uyar. A., Elektrokardiyografi sinyallerindeki aritmilerin sınıflandırılması, Akademik Bilişim, Mersin 2014
• Hıdır H. (MSc student), Erol V. (PhD student), Akgün B. T., Oyun türlerinin tanımlanmasındaki sosyal oyunların yeri, Akademik Bilişim, Mersin, 2014
• Razbonyalı C. (PhD student), Uyar A., Makine öğrenmesi ile ürün sınıflandırma incelemesi, Akademik bilişim, Mersin, 2014
• Razbonyalı C. (PhD student), Uyar A., Bilgisayar oyunları ve spor müsabakaları, Akademik bilişim, Mersin, 2014
• Yildiran S. T., Yanikoglu B., Aptoula E., Yerel değişkenlerle bitki tanıma, IEEE Sinyal İşleme ve Uygulamaları Kurultayı, Trabzon, Nisan, 2014.
• Koç E. (PhD student), Şengül Y. A., Uyar A., Dermatolojik hastalıkların teşhisinde temel sınıflandırma algoritmalarının başarım ölçütlerinin değerlendirilmesi, Ulusal biyoistatistik Kongresi, Didim, 2013
• Seğmen E. (PhD student), Uyar A., Tıbbi Teşhis Karar Destek Sistemlerinde Sınıflandırıcı Modellerin Performans Analizi, IEEE Sinyal İşleme ve Uygulamaları Kurultayı, Girne, Nisan, 2013.
• Ardıl B. (MSc student), Stratejik işletme yönetiminde savaç oyunları yaklaşımı, Yazılım, Bursa, 2013
• Özkan O. (MSc student), Demirci B. B., Özkan H. C. (MSc student), Bir e-sınav platformu için ihtiyaç analizi, Uluslar arası Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Sempozyumu, Erzurum, 2013
• Yalçın O. (MSc student), Zenginleştirilmiş gerçeklik öğelerinin eğitim teknolojisi olarak kullanılması: Bilgisayar donanımları örneği, Uluslararası Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Sempozyumu, Erzurum 2013
• Sisnelioğlu S. (MSc student), Aptoula E., Matematiksel biçimbilim ile çevrimdışı imza tanıma, Yazılım, Bursa, 2013
• Tahminciler E. (MSc student), Yıldırım P., Erythromycin ilacının yan etkilerinin araştırılması için webdeki hasta yorumlarının analizi, Uluslar arası Biyoistatistik kongresi, Aydın, 2013
• Keskin M. (MSc student), Yıldırım P., Spor ve Yaşam Merkezlerinde Veri Madenciliği Çalışması, Uluslar arası Biyoistatistik kongresi, Aydın, 2013
• Aptoula E., Courty N., Lefevre S., Matematiksel biçimbilim ile dokubilimsel meme kanseri görüntülerinde mitoz algılama, IEEE Sinyal İşleme ve Uygulamaları Kurultayı, Girne, Nisan, 2013.
• Aptoula E., Korkmaz S. (BSc student), Uzaktan algılanmış görüntülerin biçimbilimsel doku betimleyicileri ile erişimi, IEEE Sinyal İşleme ve Uygulamaları Kurultayı, Girne, Nisan, 2013.
• Koç E., Şengül Y. A., Uyar A., Gökçe B., Klinik Karar Destek Sistemleri Üzerine Araştırma Acıbadem Hastenesi Örneği, Tıp bilişimi, Antalya, 2012
• Yıldırım P.,Holzinger A., Data Visualization in healthcare, Medical Informatics, Turkmia12, 105, Antalya, Kasım, 2012.
• Demirci B. B., Orman Ü. A. (MSc student), Mühendislik Öğrencilerinin Özel Sektördeki Eğitimlere Yönelme Sebepleri, World Conference on Educational and Instructional Studies, Kasım, 2012
• Koç E., Şengül Y. A., Uyar A., Klinik Karar Destek Sistemlerinin Sağlık Hizmetleri Verimliliğine Etkileri, Sağlık ve Hastane idaresi, Isparta, 2012
• Korkmaz S. (BSc student), Aptoula E., Genişletilmiş Biçimbilimsel Ortak Değişinti, IEEE Sinyal İşleme ve Uygulamaları Kurultayı, Fethiye, Nisan, 2012.
• Koç E., Yıldırım P., Hastane yönetim sistemlerinde bilgisayar teknolojisi kullanımına yönelik bir araştırma, Sağlık ve hastane idaresi, Anlatya, 2011
• Yaylalı G. (MSc student), Akgün T., İşletim Sistemlerinde Kendi Kendini Onarma, International Advanced Technologies Symposium, Elazığ, 2011
• Özgüven K., Çetiner B. G., Gündoğan M., Dump IT: Case for high efficiency and effectiveness for Turkish Universities by gradual centralisation of all information technology functionalities, International Higher Education Connference: New Trends and Issues, İstanbul, Mayıs, 2011
• Çetiner B. G., Gündoğan M., Özgüven K., International Universities as role models for internationalisation of higher education in Turkey, International Higher Education Connference: New Trends and Issues, İstanbul, Mayıs, 2011
• Gündoğan M., Çetiner B. G., Özgüven K., External Dynamics for internationalisation of higher education in Turkey, International Higher Education Connference: New Trends and Issues, İstanbul, Mayıs, 2011
• Akgün, B. T., Bilgisayar Oyunları, GAG’10 Grafik Animasyon ve Görüntüleme Kurultayı, İstanbul, 2010
• Güngör B. (MSc student), Akgün T., Acil Aydınlatma ve Yönlendirme Sistemlerinin DALI Arabirimi ile Yönetimi, Eleco, Bursa, 2010
• Şahinaslan Ö., Razbonyalı M., Şahinaslan E., Elektronik Haberleşme ve Bilgi Güvenliğinin Sağlanmasına Yönelik Açık Kaynak Kodlu Yönetimsel Yazılımlar ve Uygulama Sonuçları, Gediz Üniversitesi 1.Bilim ve Mühendislikte Bilgisayarla Hesaplama Sempozyumu, ISCSE Haziran 2010.
• Husic S. Özgüven K., Legal discussions in Data Privacy and the Environment in Bosnia-Herzegovina, Proceedings of the International Symposium on Sustainable Development, Economy and Management, International Burch University of Sarajevo, 674-684
• Kusakci A. O., Özgüven K., RFM Data Analysis with Artifical Neural Networks in Direct Marketing Response Modelling, Proceedings of the International Symposium on Intelligent Manufacturing Systems, Sarajevo, Eylül, 2010

Other publications

• Yanıkoğlu B., Aptoula E., Yıldıran S. T., Sabanci-Okan system at ImageClef 2013, Valencia, İspanya, Eylül, 2013.
• Aptoula E., The effect of quasi-flat zones on the morphological description of hyperspectral data, Image Information Mining Conference, Münih, Almanya, Ekim, 2012.
• Yanıkoğlu B., Aptoula E., Tırkaz Ç., Sabanci-Okan system at ImageClef 2012: combining features and classifiers for plant identification, Roma, İtalya, Eylül, 2012.
• Yanıkoğlu B., Aptoula E., Tırkaz Ç., Sabanci-Okan system at ImageClef 2011: plant identification task, Amsterdam, Hollanda, Eylül, 2011.